FFU空氣過濾器主要有以下幾點優點：
1.節約空間——利用FFU風機過濾單元可以有效的節省空間，解決潔凈室吊頂頂端維修空間狹小的問題。
由于高級別的潔凈廠房需要百級甚至十級層流罩來解決工藝需求，潔凈室的吊頂的上部將設立一個個巨大的送風靜壓箱，靜壓箱內設立通風機，這些靜壓箱連同送風管、回風管從而會占據很大的空間，使得維修空間變得狹小，有時甚至影響消防通道的使用。
當我們使用FFU時，潔凈室的吊頂將會被分為若干模塊，每個模塊就是一個FFU，這樣我們可以通過調節每個模塊來滿足吊頂上部送風靜壓箱的壓力平衡的要求，從而大大降低了對該靜壓箱高度的要求。同時可以省去巨大的送風管、回風管，所以可以節省安裝空間。特別是在改造工程受到層高限制時，FFU可以有效的解決這一問題。
而且FFU尺寸多樣，可根據潔凈室的實際大小來定制，且正因為這個原因，其占用送風靜壓箱內較少的層高，甚至基本上不占用潔凈室內空間，所以能夠更好地節省空間。
2.FFU靈活性——利用FFU獨立性的結構特點，可隨時調整，彌補潔凈室機動性能不足，從而解決了生產工藝不宜調整的缺點。
潔凈室廠房的維護結構一般為金屬性板制作，一般建成后，布局不能隨意改動，但由于生產工藝的不斷更新，使得原有的廠房潔凈度布局不能滿足新工藝的需求，導致潔凈室由于產品換代需要頻繁的改動，大量浪費財力、物力。
如果通過增減FFU數量的方法，就可以局部調整房間的潔凈度布局，用以滿足工藝的改動，而且FFU自帶動力、風口、燈具，從而可以節省大量的投資。這對于通常集中送風的凈化系統來說幾乎是不可能達到同樣效果的。
因為FFU是自帶動力的，它不受區域的限制。在一個偌大的潔凈廠房里，可根據需要，分區控制。而且，隨著半導體生產工藝的變化，廠房布局必然要作相應調整，FFU的靈活性使得這樣的調整變得輕松，而且不會帶來二次投資。
3.減少運行成本——FFU系統節能顯著，從而解決了空調機房龐大、空調機組運行費用增高的集中送風的缺點。
如果面積較大的潔凈室廠房的個別潔凈間有較高的潔凈級別的需求，那么集中送風的空調機組風量較大，風機壓頭較高，才能克服風管管道的阻力以及初效過濾器，中效過濾器，高效過濾器的阻力，才能滿足需求。而且集中送風系統只要空調機出現故障，就會造成這臺空調機所涉及的全部潔凈室停止運行。
雖然在前期選用FFU時，初期投資要比使用風管通風高，但它在后期運行中，突出的表現出節能、免維護等特點，使得FFU更受歡迎。
4.負壓密封
這是FFU的獨特特點。由于它本身能夠提供靜壓，使得送風靜壓箱相對于潔凈廠房負壓。因此即使風口安裝存在泄漏，也是潔凈室向靜壓箱泄漏，不會形成對潔凈室的污染。使得密封變得很簡單而且安全。
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